三目型顯微鏡由于儀器體積小、重量輕、易操作等特點，用途相當廣，雙目顯微鏡適用于醫療衛生機構、實驗室、研究所及高等學校等單位。一般來說三目顯微鏡中雙目用于雙眼觀察，還有一目是用來外接電腦或者數碼相機。

顯微鏡主要的配件有：電腦、照相機、攝相頭（不同的像素價格不一樣）、軟件、采集卡、相差裝置、攝相接頭等這些主要配件，顯微鏡的主要耗材有（比較容易損壞的部件）：物鏡、目鏡、油物、鹵素燈、激發塊、鎢絲燈、熒光燈、燈泡、CCD、標準片。